Eestis täidab liikmesriigi rolli Rahandusministeeriumi riigieelarve osakond, mille ülesanneteks on: poliitikakujundamine, planeerimine, õigusloome, tehnilise abi rakendusasutuse funktsioon, seire ja hindamine.
Euroopa Liidu struktuurifondide korraldusasutuse ülesandeid täidab Riigi Tugiteenuste Keskus, kes vastutab toetuste taotlemise, andmise ja kasutamise kontrollimise protsessi kujundamise ning siseriikliku süsteemi ülesehitamise eest liikmesriigi korraldusasutusena; lisaks täidab sertifitseeriva asutuse funktsioone ja rakendusüksuse ülesandeid.
Konkreetse prioriteedi või meetme rakendamiseks määratakse ministeerium ehk rakendusasutus, mis vastutab Vabariigi Valitsuse seatud eesmärkide saavutamise eest.
Toetuste taotluste menetlemine, toetuse rahuldamise otsuse alusel toetuse väljamaksmise jaoks vajalike dokumentide vormistamine ja sertifitseerivale asutusele edastamine ning projektidele eraldatud toetuse seire on rakendusüksuste ülesanded, kes teevad tihedat koostööd ministeeriumite kui rakendusasutuste ning Riigi Tugiteenuste Keskuse kui korraldava asutusega.
Euroopa Liidu struktuurifondide rakendamist kontrollib auditeeriv asutus, mille rolli täidab Rahandusministeeriumi finantskontrolli osakond.
