Perioodil 2007–2013 oli Eestil võimalik kasutada Euroopa struktuuri- ja investeerimisfondide toetusi ligi 3,4 miljardi euro ulatuses ehk aastas umbes kaks korda rohkem kui varem. Seejuures üle poole toetusest tuleb Euroopa Regionaalarengu Fondist. Euroopa Liidu eraldatud finantsidele lisandub Eesti umbes 575 miljoni euro suurune panus. Ühtlasi perioodil 2007–2013 ei liigitunud põllumajandus- ja kalandustoetused enam struktuuritoetuse alla.
Aastateks 2007–2013 valmistati ette riiklik struktuurivahendite kasutamise strateegia, mis on struktuurivahendite rakendamise aluseks olev strateegiline raamdokument. Strateegia elluviimiseks koostati sotsiaalmajanduslike partnerite ning Euroopa Komisjoniga koostöös kolm rakenduskava, mille täitmist juhivad järgmised ministeeriumid:
-
Inimressursi arendamise rakenduskava (Haridus- ja teadusministeerium). Rakenduskava maht oli üle 391 miljoni euro, kavandab aastateks 2007–2013 haridust, teadus- ja arendustegevust, noorsootööd, tööturgu, ettevõtlust ning haldusvõimekuse tõstmist toetavad tegevusi, mis soodustavad liikumist teadmistepõhise majanduse ja ühiskonna poole. Tegevusi rahastatakse Euroopa Sotsiaalfondi (ESF) vahenditest.
-
Elukeskkonna arendamise rakenduskava (Keskkonnaministeerium). Rakenduskava hõlmas veemajanduse ja jäätmekäitluse infrastruktuuri, säästva keskkonnakasutuse infrastruktuuride ja tugisüsteemide, hariduse, tervishoiu ning hoolekande infrastruktuuri arendamist. Rakenduskava alt jagatud umbes 1,4 miljardi euro suurune toetus tuli Euroopa Regionaalarengu Fondist (ERF) ja Ühtekuuluvusfondist (ÜF).
-
Majanduskeskkonna arendamise rakenduskava (Majandus- ja kommunikatsiooniministeerium). Rakenduskava hõlmas ettevõtete arengu ja tootlikkuse kasvu toetamist, teadus- ja arendustegevuse (T&A) võimekuse ning turismi ja loomemajanduse arendamist, pikaajalisele majandusarengule suunatud riiklike T&A programmide arendamist ning riiklike programmide käivitamist prioriteetsetes suundades, transpordi infrastruktuuri ning infoühiskonna arendamist. Rakenduskava maht on üle 1,6 miljardi euro ning toetus tuleb Euroopa Regionaalarengu Fondist ja Ühtekuuluvusfondist.